​Maitohuoneen on oltava erillään tuotantotiloista siten, että maitohuoneen ja tuotantotilan välissä on kaksi ovea ja välitila tai vähintään yksi suljettava ovi, jolloin on huolehdittava, ettei ilma virtaa tuotantotiloista maitohuoneeseen. Bakteerit voivat levitä myös ilman kautta. Maitohuoneen ja tuotantotilojen välillä ei saa olla suoraa yhteyttä ja esimerkiksi seinän läpi vietyjen putkien ympäryksen on oltava tiivis niin, että ilma ei sitä kautta pääse navetasta maitohuoneeseen. Maitohuoneen rakenteiden ja pintojen tulee olla helposti puhtaana pidettäviä, sileitä ja kestäviä. Maitohuoneessa tulee olla riittävä valaistus ja ikkunoissa on oltava hyttysverkot tai muut suojat, mikäli ne ovat avattavia. Ilmanvaihdon tulee olla hallittua eli se ei saa perustua ovien auki pitämiseen. Jos ilmanvaihto on painovoimaan perustuva, tuloilma-aukon tulee avautua pihan puhtaalle puolelle ja sen tulee olla suojattu. Maitohuoneen on myös oltava riittävän suuri.​